Die Schwellung oder Reizung der Nasenschleimhaut, die einem Schnupfen zugrunde liegt, ist meist die Folge von Virusinfektionen (»Verkühlung«) oder von Überempfindlichkeitsreaktionen (Allergien).
Allergien können unter anderem durch Blütenstaub provoziert werden. Dieser »Heuschnupfen« tritt jeweils zu bestimmten Jahreszeiten auf. Allergischer Schnupfen kann auch von einigen Schimmelarten und manchen Milben, die im Wohnungsstaub, in Naturprodukten (z. B. Wolle) sowie auf Hautschuppen gut gedeihen, hervorgerufen werden. Auch verschiedene Stoffe am Arbeitsplatz wie Gummi, Enzyme, Samen, Korn, Hühnerfedern, Mehl sind manchmal die Ursache für allergischen Schnupfen.
Wenn eindeutig feststeht, wogegen man allergisch ist, ist bei Allergien gegen Pollen eine Desensibilisierung durch Injektionen möglich. Man wird dabei allmählich immer größeren Mengen des Stoffes ausgesetzt, gegen den man allergisch ist, und gewöhnt sich daran. Eine geschwollene Nasenschleimhaut, die zur verstopften Nase führt, ist außerdem nicht selten die Folge von Medikamentenkonsum.
Vor allem Schnupfenmittel, aber auch blutdrucksenkende Arzneien können Schnupfen provozieren.